Амоксициллинд мэдрэг бичил биетнүүдээр үүсгэгдсэн дараах бактерийн халдварын эмчилгээнд хэрэглэнэ.-амьсгалын дээд замын халдвар: дунд чихний цочмог үрэвсэл, хамрын дайвар хөндийн үрэвсэл (шаардлагын хэмжээнд оношлогдсон), бета-цус задлагч А бүлгийн стрептококкоор үүсгэгдсэн нь батлагдсан гүйлсэн булчирхайн үрэвсэл;- амьсгалын доод замын халдвар: архаг бронхитын сэдрэл, “Эмнэлгээс гадуур” уушгины хатгалгаа;- шээс ялгаруулах замын (доод) үрэвсэл: давсагны үрэвсэл;- эндокардитын урьдчилан сэргийлэлт;- Лаймын өвчний улайралттай хэлбэрийн эмчилгээний эхний шатанд (1-р шат);- Helicobacter pylori-г устгах: H. pylori-р үүсгэгдсэн пептик шархтай өвчтний эмчилгээнд бактерийн эсрэг бэлдмэлийг шархыг эдгээх үйлдэлтэй бэлдмэлүүдтэй хавсран хэрэглэнэ.